恐怖种子以独特的生成机制和诡异氛围让无数玩家既害怕又着迷。其中最著名的包括种子666、404、Entity303和008000等，这些种子通过离奇的地形、特殊事件或都市传说的加持，为冒险增添了刺激的未知感。说到恐怖种子，种子666绝对是最具代表性的存在。这个种子在凌晨三点加载时，会生成诡异的十字架结构，比如倒挂在悬崖上的十字、漂浮在空中的白色十字雪花等。更离奇的是，一些玩家声称进入这片区域后，会遇到变异生物甚至传说中的Null（黑色无面人），而游戏也可能突然崩溃。虽然这些现象可能是巧合或心理暗示，但它的神秘色彩至今仍是社区热议的话题。
另一个经典是种子404，它的故事混合了游戏与现实。最初因生成塌陷的沙砾地形而走红，后来玩家在尝试寻找管理员Herobrine时，网页却显示404错误，让这个种子蒙上了都市传说的面纱。据说在这里长期探索后，可能会发现Notch或Him的痕迹，比如突然出现的白衣角色或无法解释的方块变化。这种虚实结合的设定，让404成为了考验玩家胆量的禁区。
种子008000则以绿色史蒂夫的复仇闻名。玩家出生在一座孤岛上，如果未能及时逃离，夜晚会遭遇皮肤呈现翡翠绿色的史蒂夫追杀。这种设计打破了常规NPC的设定，配合孤岛的压抑环境，营造出被未知力量监视的紧张感。类似的还有种子MidnightTerror，它要求玩家在黑夜中探索且不能使用光源，而浮空的诡异花朵和突然出现的脚步声会不断挑战心理防线。
